解放军医学院学报

作者：苗欣, 刘培发, 菅雁兵, 郗洪庆, 陈凛

关键词：甲状腺癌, 环状RNA, 预后, GEO数据库, TCGA数据库, 生物信息学

  背景  甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma，PTC)是一种常见的内分泌肿瘤，越来越多证据表明circRNA与肿瘤的发展密切相关，但circRNA在PTC中的功能尚不清楚。  目的  基于生物信息学方法，构建PTC患者circRNA-miRNA-mRNA网络，探索circRNA在PTC预后中的调控机制。  方法  从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus，GEO)获取PTC患者的circRNA数据，其中肿瘤组6例，对照组6例；miRNA数据中包含肿瘤组5例，对照组5例；mRNA数据中包含肿瘤组32例，对照组51例。分别筛选出差异表达的circRNA、miRNA和mRNA，从而构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络；下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)数据库中PTC患者的RNA-seq数据及临床病例资料，通过Kaplan-Meier分析筛选出与PTC患者预后相关的mRNA，进一步构建与PTC患者预后相关的circRNA-miRNA-mRNA调控网络。  结果  根据GEO数据库中的测序数据集，对比肿瘤组与对照组，最终筛选出30个差异表达circRNA、10个差异表达miRNA以及12个差异表达mRNA，成功构建了PTC相关circRNA-miRNA-mRNA调控网络；通过TCGA数据库发现KIT、SFN、SPRY4这3个mRNA与PTC患者预后密切相关，从而建立PTC预后相关circRNA-miRNA-mRNA调控子网络，明确circRNA在PTC中的调控机制。  结论  本研究为circRNA通过ceRNA机制影响PTC预后提供依据，并为PTC的治疗和预后判断提供理论基础和新见解。

来源：2021年第6期

《解放军医学院学报》期刊编辑部

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